Heinrich Karl Gustav Hugendubel kaufte 1893 eine bereits bestehende Buchhandlung in München und legte damit den Grundstein für das Unternehmen. Wichtigen Markterfolg feierte die Gruppe ab 1979 durch die innovative Gestaltung ihrer Filialen mit Sitzgruppen und Informationsständen. Seit 2015 besitzt Hugendubel auch die Mehrheit an eBook.de.